La descripción de una extraña mezcla de tambores y otros desagradables sonidos que publicó la revista Look, sobre una reseña del álbum de The Complete Works del compositor francés, Edgar Varèse, fue el motivo para que Zappa se interesara en los sonidos de la música clásica moderna.

Sus primeros intereses estuvieron en la batería, instrumento que aprendió a tocar a los doce años. En esta misma época conformó su primera banda, The Blackouts.

Con el tiempo los sonidos de la guitarra de Johnny “Guitar” Watson, Howlin’ Wolf y Clarence Gatemouth Brown, se convirtieron en su motivo para comenzar a tocar el instrumento de seis cuerdas. En su juventud hizo parte de la bandas locales The Masters y The Soul Giants y escribió sus primeras piezas para películas como The World´s Greatest Sinner o Run Home Slow.

Ingresó a The Muthers en 1965, que con el tiempo se convirtió en The Mothers. Un año después salió el disco doble llamado Freak Out, que estuvo en las listas musicales 23 semanas. Seis años después actuó en directo con Yoko Ono y John Lennon en Nueva York. En los años setenta se convirtió en una leyenda del rock.

Se casó en dos ocasiones. La primera con Kathryn J. “Kay” Sherman y la última con Gail Zappa, con quien tuvo a Moon Unit, Dweezil, Ahmet Emuukha Rodan y Diva Thin Muffin Pigeen.

Zappa murió 17 días antes de su cumpleaños número 53, el 4 de diciembre de 1993, a causa de un cáncer de próstata. Luego de treinta años de carrera. En 1995 se le  incluyó en el Salón de la Fama del Rock y dos años después por su obra musical recibió el premio Grammy a toda una carrera musical.