El 1 de marzo del 2008, las Fuerzas Militares de Colombia, con el entonces ministro de defensa Juan Manuel Santos a la cabeza, bombardearon el campamento del comadante de las Farc Raúl Reyes, localizado en territorio ecuatoriano en la frontera entre los dos países. La reacción del presidente Rafael Correa fue drástica frente a un hecho que consideró violatorio de los acuerdos internacionales de soberanía, y procedió a romper las relaciones diplomáticas entre los dos países. El presidente Álvaro Uribe no hizo mayor cosa por reparar la situación. Tres años y medio después Juan Manuel Santos regresa a Quito, pero como presidente de Colombia, en una visita de Estado que no se hacía desde hace más de diez años. Los agrios momentos de las relaciones bilaterales son hoy parte de la historia entre las dos naciones.
