En la primaria no fue un estudiante brillante, tenía problemas de aprendizaje, a los doce años leía con dificultad, su mayor interés a temprana edad fue una clase de historia natural. Sin embargo, Agustín Nieto Caballero, el filósofo de la Escuela Nueva de mediados del siglo XX marcó un hito histórico en la educación colombiana y latinoamericana.

En su ciudad natal, Bogotá, estudió la primaria y el bachillerato. Viajó a Francia donde estudió en la Escuela de Derecho de Paris; Filosofía, Sociología y Ciencias de la Educación en la Pedagogía, en La Sorbona y el Colegio de Francia. En los Estados Unidos hizo sus estudios en psicología en Teacher College de Columbia University , en donde tuvo como maestro a John Dewey, uno de los filósofos norteamericano más importante del siglo XX, con quien compartió su interés por los problemas pedagogía.

Fundó el Gimnasio Moderno de Bogotá en 1914 junto con 17 socios. Fueron veinte los primeros alumnos menores de doce años que comenzaron a estudiar en el prestigioso colegio que a través de su historia ha visto pasar a grandes personalidades de la vida política y pública del país.

Se desempeñó como periodista, escribió para el periódico El Tiempo algunas columnas de opinión con temas coyunturales de la época sobre la educación, en ocasiones ésta iba dirigida personalmente a alguien.

El educador, abogado y psicólogo se casó en 1915 con Adelaida Cano Villegas, hija del fundador de El Espectador. Fue director de la Universidad Nacional entre 1938 y 1941.

El símbolo que veló por el porvenir de la educación en Colombia desapareció el 3 de noviembre de 1917 en Bogotá, su cuerpo fue enterrado en los jardines del Gimnasio Moderno en cuya lápida se lee “Educar primero que instruir”